graph.phylo 	                      package:unknown                                                R Documentation

Representao grfica da diferena de atributos entre comunidades

Description
Esta funo retorna uma filogenia com informaes contnuas ou categricas para cada terminal. 
Uso
graph.phylo(x, y, phy, bks="FD", color="gray", 
            direction="rightwards", type="phylogram", 
            legend="sem dados", position1="topleft", 
            position2="bottomleft", show.tip.label=TRUE, 
            label.offset=0.3, cex.tip=3, pch.tip=19, 
            cex.leg=1, pch.nd=20, cex.nd=1.5,cex.leg.nd=1, 
            bty="n", col.nd="black",show.node.label=FALSE, 
            edge.color="black", edge.width=1, 
            edge.lty=1, font=3, no.margin=TRUE)

Argumentos
x	data frame que contm na primeira coluna o nome dos terminais e nas seguintes as variveis (as quais podem ser da classe numeric ou factor). 
y	o nmero da coluna que corresponde a varivel que ser mostrada nos terminais da filogenia. 
phy			objeto da classe phylo.
bks	divide uma varivel contnua em classes segundo a frmula de Sturges, Scott ou Freedman-Diaconis.  especificado como: Sturges, Scott e FD, mas aceita tambm um vetor com as quebras das classes.
color	indica qual escala de cor ser usada para mostrar a varivel nos terminais da filogenia. As opes so: gray (default), heat e rainbow.
direction	especifica a direo da filogenia. So quatro possibilidades: "rightwards" (default), "leftwards", "upwards" e "downwards".
type	especifica o tipo de filogenia que ser desenhada, deve ser uma das seguintes opes: "phylogram" (default), "cladogram", "fan", "unrooted" ou "radial".
legend	especifica o que aparecer na legenda dos terminais que no contm dados.
position1 	posio da legenda relativa aos dados mostrados nos terminais da filogenia.
position2 		posio da legenda relativa aos terminais sem dados.
show.tip.label 	argumento lgico que indica se os nomes dos terminais devem aparecer na filogenia (default  TRUE, i.e. os nomes sero mostrados).
label.offset 	argumento numrico que indica o espao entre os ns e os terminais da filogenia e os nomes dos terminais correspondentes. Esta opo no tem efeito se o type = "unrooted".
cex.tip 	argumento numrico que indica a escala dos smbolos dos terminais da filogenia. 
pch.tip 	 argumento numrico que fornece o tipo de smbolo que ser mostrado nos terminais da filogenia. 
cex.leg 		argumento numrico que fornece a escala da legenda dos dados. 
pch.nd 	argumento numrico que indica o tipo de smbolo ser usado para os terminais que no possuem dados.
cex.nd 	argumento numrico que indica a escala dos smbolos usados para indicar terminais sem dados.
cex.leg.nd	argumento numrico que indica a escala da legenda relativa aos terminais sem dados. 
bty	o tipo de caixa que ser desenhada ao redor da legenda. Os valores permitidos so: "o" (default) e "n".
col.nd		cor atribuda ao smbolo dos terminais sem dados.
show.node.label 	argumento lgico que indica se os ns da filogenia devem ser mostrados (default  FALSE, i.e. os ns no sero mostrados).
edge.color	um vetor de caracteres que fornece as cores que sero usadas nos ramos da filogenia. As cores devem estar na mesma ordem que os componentes edge da filogenia. Se poucas cores forem fornecidas, elas sero recicladas. 
edge.width 	um vetor numrico que indica a largura da linha dos ramos da filogenia. As cores devem estar na mesma ordem que os componentes edge da filogenia. Se poucas largurasforem fornecidas, elas sero recicladas. 
edge.lty	o mesmo que o argumento anterior, mas para tipos de linhas. As opes so 1: contnua, 2: tracejada, 3: pontilhada, 4: pontos e traos, 5: tracejado longo, 6: dois tracejados.
font 	argumento numrico que especifica o tipo de fonte usada nos ns e nos terminais se estes forem TRUE. As seguintes opes so permitidas: 1 (texto simples), 2 (negrito), 3 (itlico, default) ou 4 (negrito itlico).
no.margin	argumento lgico. Se TRUE, as margens sero zero e a figura usar todo o espao do dispositivo grfico.

Detalhes
Necessita que o pacote ape esteja carregado na rea de trabalho.
Este grfico  til para comparar atributos entre comunidades, pois permite usar filogenias de pool regional de espcies, onde NA indica espcies que no ocorrem na comunidade e as espcies que ocorrem so reconhecidas pela presena de dados. Alm de permitir, tambm, que espcies que ocorrem na comunidade, mas que no possuem dados sejam marcadas pela sua ocorrncia. Estas espcies devem ter os dados das variveis contnuas e categricas como zero. 
Outro aspecto importante na comparao entre atributos para comunidades diferentes  que a funo permite escolher as quebras das classes das variveis contnuas. Ento, o usurio pode escolher classes das variveis contnuas de acordo com a amplitude de todas as espcies de todas as comunidades. Isso  possvel porque a funo no possui restrio de quebra de classes de acordo com o mnimo e o mximo dos dados.
As variveis categricas devem ser especificadas por diferentes letras e no nmeros.
Para variveis categricas a escala de cor heat e rainbow retorna uma escala de cores sem padro.
Se a varivel escolhida for categrica, ento, independente de qualquer especificao no argumento bks, a funo usar os nveis dos fatores nos terminais da filogenia, os quais estaro especificados na legenda.
Se em bks for fornecido um vetor e os valores das quebras das classes no abrangerem o mximo valor dos dados, ento os valores que no estiverem compreendidos nas classes sero especificados como da classe que contm os maiores valores.

Valores
graph.phylo retorna ao usurio uma figura no dispositivo grfico ativado que contm a filogenia com a varivel escolhida evidenciada nos terminais, de acordo com as especificaes de cor, tamanho e tipo. Alm de legendas que especificam as classes das variveis contnuas e os nveis dos fatores das variveis categricas.

Autor
Hamanda Badona Cavalheri (hbcavalheri@gmail.com).

Ver tambm
plot.phylo, tiplabels for the package ape.

Exemplos
tam <- c(100,0,84,NA,67,NA,44,58,0,60)
sp <- c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4", "sp5", "sp6", "sp7", "sp8", "sp9", "sp10")
habitat <- c("F",0, "A", NA, "A", NA, "Q", "F", 0, "Q")
tam <- data.frame(tam, habitat)
rownames(tam) <- sp
graph.phylo(tam,1,phy) ### dados contnuos ###
graph.phylo(tam,2,phy, color ="heat") ### dados categricos ###
graph.phylo(tam,1,phy, bks=c(43,66,87,100), col.nd="green", type="cladogram") ### definindo a quebra das classes ###






